不動産登記規則第１０５条では、合筆の登記の制限の特例について、
次のように明記されています。

不動産登記規則第百五条　法第四十一条第六号の合筆後の土地の登記記録に登記することができる権利に関する登記は、次に掲げる登記とする。

一　承役地についてする地役権の登記

二　担保権の登記であって、登記の目的、申請の受付の年月日及び受付番号並びに登記原因及びその日付が同一のもの

三　信託の登記であって、法第九十七条第一項各号に掲げる登記事項が同一のもの

四　鉱害賠償登録令（昭和三十年政令第二十七号）第二十六条に規定する鉱害賠償登録に関する登記であって、鉱害賠償登録規則（昭和三十年法務省令第四十七号）第二条に規定する登録番号が同一のもの

引用元： e-Gov法令検索.「不動産登記規則 」. (参照 2022-9-28)

上記の合筆の制限の特例については、
「合筆の制限の特例とは？」で、
わかりやすく解説しています。

なお、担保権の登記の内、
抵当権の登記がある場合の特例については、
「抵当権付きでも合筆可能？抵当権者の承諾は？」を参照下さい。